Khoa Toán Trường Đại Học Sư Phạm – Đại Học Đà Nẵng được thành lập năm 2004, trên cơ sở tách Khoa Toán-Tin thành hai khoa: Khoa toán và Khoa tin học. Do đó, quá trình hình thành và phát triển của Khoa Toán được bắt đầu và kế thừa từ quá trình hình thành và phát triển của Khoa Toán-Tin.
Ngay sau khi Đại học Đà Nẵng ra đời, Khoa Toán-Tin được thành lập trên cơ sở hợp nhất từ: (1) Tổ toán thuộc Khoa cơ bản – Trường Đại học bách khoa Đà Nẵng; (2) Tổ toán thuộc Khoa tự nhiên và các cán bộ dạy tin học tại Trường cao đẳng Sư phạm Quảng Nam – Đà Nẵng; (3) Một số giáo viên dạy Toán, Trường kỹ thuật  Nguyễn Văn Trỗi – Đà Nẵng.